ปัญหาถั่วลันเตาที่พบมากที่สุดสองปัญหาคือรากเน่าและทำให้หมาด ๆ ปัญหาเหล่านี้อาจเกิดจากเชื้อก่อโรคสามชนิด ได้แก่ Fusarium, Pythium และ Rhizoctonia. หากโรคโดนเมล็ดก่อนที่พวกเขาจะงอกพวกเขาก็อาจจะไม่ผ่านดิน หากขุดขึ้นมาเมล็ดอาจมีดินเกาะกลุ่มกันโดยเชื้อราที่บางมาก หากต้นกล้าโผล่ออกมาพวกเขามักจะล้มล้มและตายในที่สุด ลำต้นที่อยู่ใกล้แนวดินจะเปียกชุ่มและคาด หากขุดขึ้นรากจะมีลักษณะแคระแกรนและสีดำ. เชื้อราที่ทำให้รากเน่าและการทำให้หมาด ๆ ของถั่วทางใต้เจริญเติบโตได้ดีในสภาพแวดล้อมที่เย็นและชื้นและเมื่อดินมีพืชที่ไม่ได้ผสมจำนวนมาก ซึ่งหมายความว่าคุณสามารถหลีกเลี่ยงโรคต้นกล้าถั่วภาคใต้นี้ได้โดยการเพาะเมล็ดของคุณในฤดูใบไม้ผลิเมื่อดินมีความอบอุ่นเพียงพอและหลีกเลี่ยงดินที่มีการอัดแน่น. หลีกเลี่ยงการปลูกเมล็ดใกล้กันเกินไป หากคุณเห็นอาการของโรครากเน่าหรือทำให้หมาด ๆ ให้กำจัดพืชที่ได้รับผลกระทบและใช้ยาฆ่าเชื้อรากับส่วนที่เหลือ. โรคต้นถั่วพุ่มอื่น ๆ โรคต้นถั่วลันเตาอีกชนิดหนึ่งคือไวรัสโมเสค แม้ว่ามันอาจจะไม่แสดงอาการทันที แต่พืชที่ติดเชื้อไวรัสโมเสกอาจกลายเป็นหมันและไม่เคยผลิตฝักต่อมาในชีวิต วิธีที่ดีที่สุดในการหลีกเลี่ยงไวรัสโมเสคคือปลูกต้นถั่วพันธุ์ต้านทานเท่านั้น.